ローカルフォルダへのショートカットアイコンは消えずに、他のPCの共有フォルダーへのショートカットアイコンだけがすべて消えます。

Windows7ではデスクトップ上に4つ以上「壊れた」ショートカットがあると、保守タスク が自動的に削除してしまいます。
ショートカットが一時的にリンク切れした場合であっても、「壊れた」ショートカットと見なして勝手に削除します。

【予防策】
方法 1
デスクトップ上にネットワークドライブへのショートカットを、3つ以上置かない。
デスクトップ上のネットワークドライブへのショートカットの数を 3 つ以下に維持します。これを行うには、最も頻繁に使用する 3つのショートカットを除いて、デスクトップ上のショートカットをすべて削除します。
使用するショートカットが 4つ以上である場合は、デスクトップ上にフォルダーを作成して、そのフォルダーにショートカットを移動する方法もあります。これらのショートカットは、デスクトップ上に直接存在していないため、削除されません。

方法 2
システム保守のトラブルシューティング ツールを無効にする。
デスクトップ上に 3つを超える破損したショートカットが必要である場合、システム保守のトラブルシューティング ツールを無効にする方法があります。

注: システム保守のトラブルシューティング ツールを無効にすると、これにより実行されるすべての保守タスクが無効になります。そのため、方法 1 を使用することをお勧めします。
保守タスク を停止するには、
コントロールパネル→システムとセキュリティ→問題の発見と解決→設定の変更→コンピュータ保守
(コントロール パネル\すべてのコントロール パネル項目\トラブルシューティング\設定の変更)を「無効」にします。